Indonesia on ammatillisen paleoantropologian huomioimaton syntymäpaikka. Euroopassa 1800-luvun puolivälissä tutkijat löysivät ensimmäistä kertaa sukupuuttoon kuolleet hominidilajit: neandertalit. Oikeastaan on tarkemmin sanoa, että maallikot löysivät neandertallasiset fossiilit, jotka saattoivat ne sitten tunnettujen anatomisten tietoisuuteen. Vasta vuonna 1890 tutkija meni kentälle etsimään hominidiluita. Hollantilainen lääkäri Eugene Dubois matkusti Indonesiaan, sitten Hollannin siirtokuntaan, etsien esi-isiä. Vuonna 1891 hän löysi Homo erectus- fossiileja ja teki hominidien metsästyksestä asianmukaisen pyrkimyksen - ja teki Aasiasta määränpään paleoantropologeille.
Trinil: Duboisin löytöt tapahtuivat lähellä Trinilin kylää Keski-Jaavassa. Hänen ensimmäinen löytönsä oli pääkallo, jonka nykyinen tiedetään olevan 700 000 - 1 miljoona vuotta sitten. Kallo näytti ihmisen kaltaiselta, mutta siinä oli paksut luut, raskaat kulmakarvat ja matala, viisto otsa. Vuotta myöhemmin, vuonna 1892, Dubois toi melkein täydellisen reisiluun, joka näytti melkein modernista. Hän päätti, että luut kuuluivat sukupuuttoon kuolleeseen lajiin, joka oli ”puuttuva yhteys” apinoiden ja ihmisten välillä. Hän nimitti lajin Pithecanthropus erectus (”pystyttää apinainen ihminen”). Tätä lajia kutsutaan joskus Java Man -lajiksi, jota nykyään kutsutaan Homo erectus .
Ngandong: Hollantilaiset tutkijat löysivät Javasta 1930-luvulla enemmän H. erectus- fossiileja, jotka edustavat 15 yksilöä, lähellä Ngandongin kylää Java-Solojoen rannalla. Viime aikoihin asti paleoantropologien mielestä Ngandongin luut edustavat hyvin hiljattain esiintynyttä H. erectus -populaatiota. Näiden hominidien, joiden ajateltiin olevan ehkä jopa 30 000–50 000 vuotta sitten, olisivat voineet olla neandertallasten ja nykyaikaisten ihmisten aikakautiset, jotka asuvat Euroopassa ja Länsi-Aasiassa. Mutta uudemmat kenttä- ja treffianalyysit viittaavat siihen, että Ngandong-hominidit asuivat paljon aikaisemmin, joskus välillä 143 000 - 546 000 vuotta sitten.
Mojokerto: Vuonna 1936 Hollannin geologian tutkimuskeskuksessa työskentelevä avustaja löysi 2–3-vuotiaan lapsen osittaisen pääkalvon Itä-Jaavassa. Ryhmän jäsen Ralph von Koenigswald, saksalainen paleontologi, tunnisti kalvon kuuluvan varhaiseen hominidiin, H. erectukseen . Vaikka fossiilin tarkka sijainti ja siten ikä on asetettu kyseenalaiseksi viime vuosina, tutkijoiden mielestä Mojokerto-kallo on noin 1, 8 miljoonaa vuotta sitten. Se tekee siitä yhden vanhimmista hominidiluista, joita koskaan löytynyt Afrikan ulkopuolelta.
Sangiran: Vuosina 1937 - 1941 von Koenigswald löysi ylimääräisiä H. erectus- fossiileja Sangiranin kohdalta Keski-Jaavaan. Löytöissä oli kolme osittaista kalloa, osittainen leuka ja kymmeniä eristettyjä hampaita. Nämä fossiilit, jotka ovat peräisin yli miljoona vuotta sitten, auttoivat vahvistamaan H. erectus -lajin laillisuuden . Nykyään turistit voivat käydä fossiilialueella, jolla on meneillään olevat kaivaukset, sekä museolla.
Flores: Indonesian viimeisin hominiditutkimus oli iso järkyttäjä. Vuonna 2004 ryhmä tutkijoita Indonesiasta ja Australiasta ilmoitti löytäneensä epätavallisen fossiilikokoelman Indonesian Flores-saarelta. Luut kuuluivat pienen aivon hominidiin, joka oli alle neljä jalkaa korkea ja painoi alle 70 kiloa - silti jotkut fossiileista olivat vain 17 000 vuotta vanhoja. Tutkijat päättelivät, että “Hobbit” kuului uuteen lajiin, Homo floresiensis -lajiin . Kun lajin esi-isä, ehkä H. erectus, saapui saarelle, hominidi kehittyi pienemmäksi mukautuksena pienelle saarelle asumiseen. Kriitikot kuitenkin sanovat, että Hobbit on oikeastaan nykyaikainen ihminen, jolla on jonkinlainen kasvuhäiriö.
